Najważniejszy sądecki kościół przyciąga gotycką strukturą i barwnymi refleksami witraży.
Bazylika kolegiacka św. Małgorzaty w Nowym Sączu powstała w Średniowieczu, a w roku 1448 została podniesiona przez biskupa Zbigniewa Oleśnickiego do godności kolegiaty. W roku 1992 papież Jan Paweł II nadał nowosądeckiej świątyni tyuł Bazyliki Mniejszej.
Budynek świątyni posiada elementy gotyckie i barokowe. W jego skład wchodzi barokowa fasada z dwiema wieżami, nawa główna poprzedzona kruchtą łączącą wieże, zaś po bokach nawy głównej rozbudowano kaplice.
Najstarszym malowidłem jest fragmentaryczna (odkryta w roku 1970) gotycka polichromia z 1360 r. na południowej ścianie prezbiterium, przedstawiająca sceny męczeństwa i ukrzyżowania. Podobnie fragmenty polichromii na filarze podtrzymującym prospekt organowy pochodzą z najstarszego okresu zdobień kościoła.
W ołtarzu głównym znajduje się obraz z kręgu Veraicon (z łac. prawdziwy obraz icona vera) – wizerunek Przemienienia Pańskiego, pochodzenia włoskiego, datowany na XV wiek, przeniesiony tu w 1785 r. Jak chce legenda – jest to jeden z obrazów „achiropitycznych”, czyli namalowanych bez dotknięcia ręką żyjącego człowieka. Podanie głosi, iż obraz namalował św Łukasz. Obraz od wieków jest otoczony kultem, przez co bazylika stała się sanktuarium pielgrzymkowym.
Ponadto wyposażenie wnętrza stanowią m.in.: figura Madonny z Dzieciątkiem z XIV wieku, fryz z płaskorzeźb apostołów przywieziony po bitwie grunwaldzkiej, trzy portale gotyckie z XV wieku, chrzcielnica z 1557 roku, ołtarz główny i dwa boczne, późnorenesansowe z XVII wieku, w nawie dwa rokokowe ołtarze boczne. W prospekcie umieszczono 34-głosowe organy.
W kaplicy po prawej stronie nawy znajdziemy patronkę kościoła św Małgorzatę, wyobrażoną na obrazie w typie ikony. Zgodnie z ikonografią święta dzierży w dłoni wydłużony krzyż, którym godzi w smoka. Korona na jej głowie przypomina, iż pochodziła ze szlachetnego (choć nie królewskiego) rodu. Św Małgorzata Antiocheńska została umęczona w początkach IV w n.e. za to, że jako chrześcijanka odmówiła poślubienia rzymskiego namiestnika deklarując, że jej serce należy do Chrystusa.
Pierwszy kościół gotycki posiadał strukturę dwunawową, z czego wynikało umiejscowienie filarów pośrodku świątyni. Taki układ nie był funcjonalny, więc w wyniku kolejnych rekonstrukcji oraz odbudów po pożarach, jakie kilkakrotnie niszczyły kolegiatę, uzyskała ona dzisiejszą formę. Niegdysiejsze sklepienie gotyckie zostało zastąpione renesansowym płaskim stropem kasetonowym, a w latach 70-tych minionego stulecia – stropem żelbetowym.
W przyziemiu północnej wieży kolegiaty zachowały się drzwi, na których w 1617 r. podpisało się czterech hejnalistów miejskich. Napis ten - znany z rysunku Stanisława Wyspiańskiego - dziś jest już słabo czytelny.