Pôvod lemkovského obyvateľstva nie je dodnes jednoznačne stanovený a opozícia medzi zástancami rôznych teórií je predmetom mnohých sporov. Je veľmi ťažké presne povedať, kto a kedy zahájil vznik lemkovského etnika. Hlavným problémom pri definovaní etnogenézy Lemkov je, ako historicky vyvíjali vzťahy medzi lemkovskou komunitou a slovanskými a neslovanskými národmi. Vo vedeckom svete prevládajú tri teórie naznačujúce pôvod Lemkov. Medzi prívržencami lemkovskej teórie autochtonizmu v Karpatoch a zástancami teórie migrácie existujú zásadné rozdiely v názoroch.
Jedna z nich predpokladá, že Lemkovia pochádzajú zo Západných Karpát ako potomkovia Bielych Chorvátov (Chrobatov), kmeňa, ktorý bol súčasťou rusínskeho štátu. Zástancovia tejto teórie tvrdia, že územie Kyjevskej Rusi siahalo oveľa ďalej na západ a sever, ako uvádza historiografia. Pád Kyjevského kniežatstva pod tlakom Tatárov v 13. storočí na jednej strane a nárast moci poľského štátu na strane druhej boli podľa teórie autochtonizmu hlavnými dôvodmi vysídlenia rusínskeho obyvateľstva poľskými kolonistami. Výsledkom bolo, že rusínske obyvateľstvo prežilo iba v horských oblastiach, na ťažko dostupných a ekonomicky neatraktívnych miestach.
Protikladom tejto teórie je teória migrácie, predpokladajúca vznik lemkovskej komunity v dôsledku zmiešania sa poľského osídlenia (sídlili v týchto oblastiach už v 13. storočí) s valašsko-rusínskymi osídľovacími vlnami. Podľa zástancov teórie „valašskej kolonizácie Karpát” sa Valasi v 15. a 16. storočí usadili a vytvorili dediny v Západných Karpatoch a počas ich migrácie sa pastierske kmene miešali s ľuďmi žijúcimi vo východných Karpatoch, a preto, keď sa dostali do Západných Karpát, v ich etnike prevažovala rusínčina. Hlavnými argumentmi použitými na podporu tejto teórie sú dokumenty o zakladaní dedín na základe valašského práva, ako aj toponomika a pastierska terminológia rumunského pôvodu. Jedným z argumentov proti teórii „valašskej kolonizácie” je podľa Iwana Krasowskiego „Jozefínsky kataster” (dokument vydaný v osemdesiatych rokoch 18. storočia o vlastníctve pôdy galicijských roľníkov). Podľa tohto dokumentu 70 % priezvisk z lemkovského regiónu sú priezviská vytvorené podľa pravidiel ukrajinskej slovotvorby, 15 % predstavuje slovanské priezviská, 10 % poľské a slovenské a iba 1 % pre rumunské a maďarské priezviská. Autor preto usudzuje, že Lemkovia nie sú Valasi, ale bývalí Rusíni, ktorí žili v Karpatoch oveľa skôr, ako naznačuje teória „valašskej kolonizácie”.
Napriek argumentom proti valašskej kolonizácii je dnes prítomnosť etnických Valachov na území historického lemkovského regiónu a vôbec v celých Karpatoch a Podkarpatsku dokázaná. Roman Reinfuss uviedol, že neexistujú presvedčivé dôkazy na podporu tézy autochtonizmu Rusínov v Stredných a Západných Karpatoch. Predstavuje však skutočnosti, ktoré by mohli nasvedčovať tomu, že rusínske obyvateľstvo mohlo obývať lemkovský región ešte pred začiatkom valašského osídlenia. Podľa výskumníka „vznik takmer súčasne dvoch dominikánskych inštitúcií v dvoch rôznych častiach lemkovského regiónu naznačuje, že v tejto oblasti existovali niektoré nekatolícke prvky vyžadujúce misijnú prácu a mohli to byť iba schizmatickí Rusíni”.
Iná teória o pôvode Lemkov sa týka tráckych pastierov, ktorí po stáročia viedli v Karpatoch pastiersky, kočovný životný štýl. Až na konci 14. storočia sa začali usadzovať - „kolonizácia podľa valašského práva” a začala tiež prebiehať rutenizácia.